Kerjaya awal

Beliau mula bermain bola sepak di kelab tempatan Dukla Banská Bystrica. Selain itu, beliau juga mula bermain untuk kelab remaja kecil Jupie Podlavice. Pada tahun 2002, beliau menandatangani kelab Slovan Bratislava. Beliau bermain enam perlawanan dan menjaringkan satu gol.

Beliau berpindah dari Slovan ke Brescia pada 2004 ketika berusia 17 tahun dengan bayaran 500 ribu euro. Beliau membuat debut untuk Brescia menentang Chievo Verona pada 20 Mac 2005 ketika berusia 17 tahun dan 237 hari. Pada musim 2005-06, beliau bermain 24 perlawanan untuk Brescia ketika di Serie B. Beliau juga melakukan perubahan besar apabila menjaringkan 10 gol dalam 40 perlawanan.

Napoli

Pada 28 Jun 2007, beliau dilaporkan telah menandatangani kontrak lima tahun bersama kelab Napoli. Bayaran itu sebanyak 5.5 juta euro. Beliau bermain pada perlawanan pertamanya untuk Napoli ketika menentang Cesena pada pusingan pertama Coppa Italia, Napoli menang 4-0 dan Hamsik menjaringkan gol pembukaan dan gol kedua. Pada 16 September 2007, beliau menjaringka gol pertamanya di Serie A menentang Sampdoria.

Pada tahun 2007, beliau diundi sebagai pemain kedua terbaik Slovakia (selepas Martin Škrtel) and dan juga diundi sebagai pemain muda terbaik Slovakia. Hamsik menamatkan musim pertamanya bersama Napoli sebagai penjaring terbanyak kelab dengan sembilan gol daripada 47 perlawanan. Pada musim 2008–09, Hamšík menjadi penjaring terbanyak Napoli buat tahun kedua. Pada tahun 2009, beliau sekali lagi sebagai naib juara pemain terbaik Slovakia dan mengulangi kejayaan pemain muda terbaik Slovakia.

Musim 2010–11

Pada 19 September 2010, Hamšík menjaringkan gol pertama Napoli untuk bangkit ketinggalan ketika menentang Sampdoria, 2-1 di Genoa. Pada 23 September, Hamšík menandatangani kontrak tiga tahun sehingga Jun 2015. Tiga hari kemudian, beliau menjaringkan gol kedua musim ini melalui tendangan penalti untuk memberikan jaringan 4-1 bagi Napoli ke atas Cesena.

Hamsik membantu Napoli untuk layak ke Liga Juara-Juara musim hadapan selepas menduduki tempat ketiga liga. Beliau telah menjaringkan 11 gol, membuat enam hantaran dalam 36 perlawanan liga.

Musim 2011–12

Hamšík menjaringkan gol kemenangan untuk Napoli menang 2-0 di laman sendiri ke atas Villarreal pada 27 September dan memberikan kemenagnan Napoli di Liga Juara-Juara. Hamšík membuat hantaran kepada Gökhan Inler untuk menjaringkan gol pembukaan ke atas Villareal dan kemudian beliau pula meledak masuk gol kedua pada 7 Disember dan membantu Napoli menang 2-0 di Sepanyol. Peluang untuk layak ke pusinagan 16 Liga Juara-Juara amat sukar kerana kumpulan ini mempunyai kelab gergasi seperti Bayern Munich dan Manchester City. Hamšík membantu Napoli menduduki tangga teratas liga pada separuh musim 2011-12 selepas menang besar 6-1 ke atas Genoa pada 21 Disember. Pada perlawanan Eropah, Hamsik bermain kesemua perlawanan peringkat kumpulan bersama dua jaringan gol dan membuat satu hantaran.

Pada 9 Mac, Hamšík melanjutkan kontraknya setahun bersama Napoli sehingga Jun 2016. Hamšík menjaringkan gol terakhirnya di musim ketika menang 2-0 ke atas Palermo pada 1 Mei. Napoli menduduki tempat kelima liga dan pemain Slovakia itu menjaringkan sembilan gol liga dan membuat sembilan hantaran.

Hamšík antara pemain Napoli yang menjuarai Coppa Italiana dengan menewaskan Juventus, 2-0 pada 20 Mei. Beliau menjaringkan gol kemenangan pada minit ke-83.

Musim 2012–13

Pada jadual pertama liga bagi musim 2012-13, Hamšík menjaringkan gol pertama Napoli dan membuat hantaran kepada Christian Maggio ketika mengalahkan Palermo, 3-0. Selepas kemenangan 2-1 ke atas AC Siena, kelab ini mengesahkan di peringkat kumpulan Liga Juara-Juara manakala Siena bakal menghadapi zon penyingkiran. Pemain Slovakia ini bermain setiap perlawanan Napoli pada musim 2012-13 dengan menjaringkan 11 gol dan 14 hantaran. Pasukannya berada di tempat kedua di belakang Juventus.

Musim 2013–14

Pada 10 Ogos 2013, Hamšík melanjutkan kontraknya bersama Napoli sehingga musim panas 2018. Pada perlawanan pertama Serie A pada 26 Ogos 2013, beliau menjairngkan gol kedua dan ketiga Napoli apabila menewaskan Bologna 3-0. Hamšík meneruskan kariernya dengan menjaringkan gol pada perlawanan seterusnya menentang Chievo Verona, 4-2 pada 31 Ogos.

Pada 3 Mei 2014, Hamšík bermain selama 63 minit ketika Napoli menang 3-1 ke atas Fiorentina pada perlawanan akhir Coppa Italiana 2014.